Υπάρχει καθημερινή σύνδεση Αθήνας (Αεροδρόμιο Ελευθέριος Βενιζέλος – ATH ) με το αεροδρόμιο της Λήμνου Ήφαιστος (LXS), το οποίο είναι απο τα μεγαλύτερα και πιο νέα αεροδρόμια του Αιγαίου. Χαρακτηριστικό του είναι ότι διαθέτει τον μεγαλύτερο αεροδιάδρομο στην Ελλάδα. Επίσης υπάρχει σύνδεση με Θεσσαλονίκη, Μυτιλήνη, Χίο , Ικαρία, Σάμο, Ρόδο τέσσερις φορές την εβδομάδα. Το καλοκαίρι δρομολογούνται και πτήσεις charter για μεγάλες ευρωπαϊκές πρωτεύουσες.